Logo
  • Compilers
  • MPIs
  • Applications
    • AMD
      • amdblis
      • amdfftw
      • amdlibflame
      • amdlibm
      • amdscalapack
    • Audio/Visualization
      • ffmpeg
      • gmt
      • gnuplot
      • paraview
      • visit
      • vlc
      • vtk
    • Bioinformatics
      • bamtools
      • beagle
      • beast2
      • bismark
      • blast-plus
      • bowtie2
      • bwa
      • cufflinks
      • cutadapt
      • fastqc
      • fasttree
      • fastx-toolkit
      • gatk
      • htseq
      • mrbayes
      • nf-core
      • perl-bioperl
      • picard
      • samtools
      • sratoolkit
      • tophat
      • trimmomatic
      • vcftools
    • Climate
      • cdo
      • ncl
    • Computational chemistry
      • amber
      • cp2k
      • gromacs
      • lammps
      • namd
      • nwchem
      • quantum-espresso
      • vasp
      • vmd
      • wannier90
    • Fluid dynamics
      • openfoam
    • Geospatial tools
      • gdal
      • geos
      • grads
      • proj
    • Libraries
      • arpack-ng
      • blis
      • boost
      • eigen
      • fftw
      • gmp
      • gsl
      • hdf5
      • hdf
      • intel-mkl
      • libfabric
      • libflame
      • libiconv
      • libmesh
      • libszip
      • libtiff
      • libv8
      • libx11
      • libxml2
      • mpfr
      • netcdf-c
      • netcdf-cxx4
      • netcdf-fortran
      • netlib-lapack
      • openblas
      • parallel-netcdf
      • petsc
      • swig
      • ucx
      • zlib
    • Mathematical/Statistics
      • gurobi
      • jupyter
      • matlab
      • meep
      • octave
      • r
      • rstudio
    • ML toolkit
      • learning
      • nco
      • py-mpi4py
      • python
      • spark
    • NVIDIA
      • cuda
      • cudnn
      • nccl
      • nvhpc
    • Programming languages
      • julia
      • tcl
    • System
      • cue-login-env
      • modtree
      • xalt
    • Text Editors
      • vscode
    • Tools/Utilities
      • anaconda
      • aws-cli
      • cmake
      • curl
      • emacs
      • gdb
      • gpaw
      • hadoop
      • hpctoolkit
      • hwloc
      • launcher
      • monitor
      • mpc
      • ncview
      • numactl
      • openjdk
      • papi
      • parafly
      • protobuf
      • qemu
      • qt
      • texlive
      • tk
      • totalview
      • valgrind
    • Workflow automation
      • hyper-shell
      • nextflow
      • parallel
  • Biocontainers
  • NVIDIA NGC containers
Python
  • Applications
  • Edit on GitHub

Applications¶

AMD¶

  • amdblis
  • amdfftw
  • amdlibflame
  • amdlibm
  • amdscalapack

Audio/Visualization¶

  • ffmpeg
  • gmt
  • gnuplot
  • paraview
  • visit
  • vlc
  • vtk

Bioinformatics¶

  • bamtools
  • beagle
  • beast2
  • bismark
  • blast-plus
  • bowtie2
  • bwa
  • cufflinks
  • cutadapt
  • fastqc
  • fasttree
  • fastx-toolkit
  • gatk
  • htseq
  • mrbayes
  • nf-core
  • perl-bioperl
  • picard
  • samtools
  • sratoolkit
  • tophat
  • trimmomatic
  • vcftools

Climate¶

  • cdo
  • ncl

Computational chemistry¶

  • amber
  • cp2k
  • gromacs
  • lammps
  • namd
  • nwchem
  • quantum-espresso
  • vasp
  • vmd
  • wannier90

Fluid dynamics¶

  • openfoam

Geospatial tools¶

  • gdal
  • geos
  • grads
  • proj

Libraries¶

  • arpack-ng
  • blis
  • boost
  • eigen
  • fftw
  • gmp
  • gsl
  • hdf5
  • hdf
  • intel-mkl
  • libfabric
  • libflame
  • libiconv
  • libmesh
  • libszip
  • libtiff
  • libv8
  • libx11
  • libxml2
  • mpfr
  • netcdf-c
  • netcdf-cxx4
  • netcdf-fortran
  • netlib-lapack
  • openblas
  • parallel-netcdf
  • petsc
  • swig
  • ucx
  • zlib

Mathematical/Statistics¶

  • gurobi
  • jupyter
  • matlab
  • meep
  • octave
  • r
  • rstudio

ML toolkit¶

  • learning
  • nco
  • py-mpi4py
  • python
  • spark

NVIDIA¶

  • cuda
  • cudnn
  • nccl
  • nvhpc

Programming languages¶

  • julia
  • tcl

System¶

  • cue-login-env
  • modtree
  • xalt

Text Editors¶

  • vscode

Tools/Utilities¶

  • anaconda
  • aws-cli
  • cmake
  • curl
  • emacs
  • gdb
  • gpaw
  • hadoop
  • hpctoolkit
  • hwloc
  • launcher
  • monitor
  • mpc
  • ncview
  • numactl
  • openjdk
  • papi
  • parafly
  • protobuf
  • qemu
  • qt
  • texlive
  • tk
  • totalview
  • valgrind

Workflow automation¶

  • hyper-shell
  • nextflow
  • parallel
Previous Next

© Copyright . Revision bf4ecc2b.

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.